Filomarino y la revuelta de Masaniello
La conducta del cardenal Filomarino durante la revuelta de Masaniello (1647-1648) ha sido objeto de numerosos debates tanto entre los testigos y protagonistas del evento como entre los historiadores de siglos posteriores. Muchos, especialmente el virrey conde de Oñate, lo acusaron abiertamente de haberse puesto del lado de los rebeldes, de haberse movido en primera persona para favorecer la llegada de los franceses a Nápoles y, en consecuencia, de haber sido infiel a su legítimo soberano, el rey de España Felipe IV. De hecho, durante el levantamiento, Filomarino mantuvo un comportamiento deliberadamente ambiguo, mostrando simpatía por los rebeldes y poca consideración por algunos personajes importantes del poder español (en primer lugar, por el virrey duque de Arcos), pero asegurándose de no exceder el límite de la lealtad al rey. Ejerció una influencia indudable sobre Masaniello, y en general su carisma fue muy considerado por los líderes de la revuelta, se las arregló para nombrar al pariente Francesco Filomarino di Roccadaspide en la posición estratégica de “grassiere” de la ciudad (es decir, el prefecto de la anona), trató de actuar como mediador entre los rebeldes y el poder virreinal, asistió a la toma de posesión del duque de Guisa (bendición de la espada), pero se ha demostrado históricamente que él nunca intentó, según la voluntad del cardenal Mazarino y del Papa Inocencio X, imponer el dominio francés en el sur de Italia. Se negó a excomulgar a la ciudad y poner en marcha un “interdetto” (entredicho), así como desaprobó con fuerza el bombardeo de la ciudad deseado por Arcos y efectuado por la flota situada en el puerto de Nápoles bajo el mando de don Juan de Austria. Junto a este último y el nuevo virrey Oñate, Filomarino atravesó toda la ciudad a caballo, el 6 de abril de 1648, para difundir la noticia del fin de la revuelta y empujar a los líderes, entre todos a Gennaro Annese, a rendirse pacíficamente. Una vez terminada la revuelta, Oñate pidió en vano la destitución de Filomarino, considerado como un enemigo interno al Virreinato español. El cardenal se mantuvo en su lugar en Nápoles hasta su muerte en 1666.